美國在台協會是一非營利性民間機構，於1979年1月1日美國政府改變對台灣的外交承認後不久成立。1979年4月10日通過的《台灣關係法》，授權繼續「美國人民與台灣人民之間的商務、文化及其他關係」。同時它也規定「由美國總統或美國各政府機關所進行或執行與台灣有關的任何計畫、活動或其他關係，應依據總統指示的方式及範圍，透過美國在台協會完成、執行之」。美國國務院經由與該會所簽定的合約，提供美國在台協會大部份的經費及運作指導。美國國會透過制定台灣關係法，也在美國在台協會的運作上擔任監督的角色。

美國在台協會在維吉尼亞州的阿靈頓設有華盛頓總部，在其對等組織駐美國台北經濟文化代表處及美國各政府單位間扮演聯絡的角色。

美國在台協會台北辦事處共有職員550人以上，從事各種代表美國利益相關的工作，包括商業服務、農產品銷售、領事服務及文化交流。美國在台協會在高雄設有高雄分處，負責當地商業推廣、領事服務和新聞文化工作。